仙界，掌管八河司雨大龙神----泾河龙王，不守天规，致使百姓遭天灾之苦。妈祖奉玉皇大帝旨令，率千里眼、顺风耳要抓拿泾河龙王与其门徒小龙女治罪，因而展开正邪斗法，刁钻的小龙女遁逃，泾河龙王受伤不敌，化作一条恶龙逃离。凡间，黄家媳妇玉凤被诬陷通姦杀夫，囚于木笼内游街示众，其间被推落水中，命在旦夕，八岁儿子天保悲泣祈求著……正在追逐泾河龙王的妈祖闻声救苦，心生慈悲，急忙施法救了玉凤一命，但同时也让那恶龙趁隙逃脱。观世音菩萨晓谕妈祖、千里眼与顺风耳务必尽速抓回泾河龙王与小龙女，将之正法，否则泾河龙王于凡间将转化成祸世魔头，且将牵动皇室天命，苍生祸福……不过，观世音菩萨交代不可擅用法术，以免逆天运、碍轮迴。三皇子奉命出宫，欲至东岳泰山盛典祭天，为天下灾民祈福解厄，三皇子前去向精通玄妙道法的妙通真人请益，殊不知，这妙通真人就是泾河龙王的化身，仙界三日，凡间三年，这妙通真人已在凡间修炼得道，并练得「隐迹灵珠」，即使妈祖在前也认不得他真形原神！

　　妙通伺机，等候祭天之时，欲吸取日月精神，雷霆之气，成为魔界至尊。
　　妈祖率千里眼、顺风耳至凡间，一面追缉泾河龙王与小龙女，一面行医济世、宣扬圣道，不过，却不时遭到妙通真人诡计暗算，甚至受到民众欺凌羞辱，千里眼与顺风耳心有不甘和怨尤，但在妈祖的劝导之下，也渐渐学习慈悲与包容！

　　慈悲的妈祖，得知玉凤之夫乃为正直的堤防监工人员，因揭发工程弊案而遭灭口，妈祖本著善心，极力奔走，为玉凤洗刷冤屈，但随著线索不停中断，相关人员一一遭到杀害，案件牵扯范围越来越大，层级越来越高，甚至，有皇室成员介入……
　　妈祖惊觉此案将动摇国本，关系千千万万百姓的身家性命，她义无反顾，担负起调查解厄的重责大任，但此举也为她带来重重危机，妙通下毒栽赃妈祖，为了救人，妈祖不惜以身试毒，遭遇生命危险，幸赖千里眼和顺风耳努力奔走，冒险犯难，方使妈祖倖免于难。

　　妙通并不死心，两大阵营互相较劲，比智慧、比勇气，妈祖心怀慈悲，首先渡化小龙女，然而，直到最后，妈祖方才惊觉，原来这个处心积虑要陷害她的道士妙通，就是她奉命缉捕的泾河龙王！
　　而所有的祸源，竟然是二皇子为了争夺皇位，所进行的阴谋诡计，为了百姓福祉，妈祖决定辅佐善良仁慈的三皇子继任太子，但危机四伏，妈祖的任务艰辛困难。

　　祭天大典之日终于来到，妈祖眼看著浩劫已然成形，再不兵行险著，人间将会祸害无穷，遂在千里眼、顺风耳与小龙女协助暂时护卫三皇子，直上天庭请奏玉帝、调派天兵天将幻化成一股神勇义军，准备与妙通决战！
大慈大悲的观音菩萨不忍见到人间浩劫动盪、生灵为之涂炭，遂赐予妈祖千古法宝「降龙宝剑」以斩杀魔头妙通…
　　妈祖协助三皇子率领神勇义军朝京城扑杀而来，千里眼、顺风耳与小龙女更协助劝化诱导遭到妙通误导煽惑的各方势力归顺正统，以免自杀残杀、伤及无辜…
　　妈祖以三皇子的参军身份，揹著「降龙宝剑」随义军直入京城，只惜妙通已火速登上泰山祭告天地、「紫青如意」即将打开「乾坤阴阳锁」放出数百只恶鬼，大道眼看就要涅盘…
　　泰山山巅，就在妙通要打开「乾坤阴阳锁」前一刻，三皇子率妈祖、千里眼、顺风耳与小龙女领神勇义军及时杀至，三皇子擒下无情无义的冷血兄长二皇子，千里眼、顺风耳与小龙女配合义军大举消灭妙通的妖魔部队，妈祖持「降龙宝剑」对上妙通，殊死一战…其间，妈祖不断规劝，但已魔性攻心的妙通就是不肯悔改，妈祖心痛，欲斩妙通，妙通却趁隙化成恶龙遁逃…

　　邪恶势力殆尽，天地纲常规正！
　　已列仙班、誓言永远跟随妈祖的小龙女自知自己与三皇子神人两隔、无缘白首，遂鼓励三皇子将来好好当个百姓爱戴的明君，当作是对小龙女的补偿…
　　妈祖继续行善人间，感人事蹟流传千古，为后人所津津乐道