十年前，科学家杜芬奇（范明饰）发明出了变小对撞机，自己却被变成1厘米的小人进入微观世界，从正常世界失踪。而十年后，笨蛋导游顾嘉（张子栋饰）却阴错阳差被变小，与杜芬奇相遇，缩小人特攻队从此诞生。 杜芬奇变小后一直在研究将身体还原的粒子对撞机，只剩最后一步即可成功。为了能早日变大回归正常世界，顾嘉决定帮助杜芬奇收集材料完成对撞机，一场惊险之旅拉开帷幕。他们在微观世界经历重重险境，与蚂蚁、蝎子生死搏斗，惊险的高空跳伞，还要与想抓住小人卖钱的保安王大亮斗智斗勇，眼看胜利在望，却又一次次出现意外。