穆德失踪后，史考莉请约翰道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列灵异事件的真实性，于是她开始了与一个新的怀疑论者约翰道格特的合作之旅。本季超级战士(一种新混血外星人)作为新殖民武器开始出现。穆德最终回来了，还找到了杀死超级战士的方法，但由于他知道的太多而不得不逃亡。